比色皿是分析过程中对结果有很大影响的一个因素，比色皿污染之后对测试的影响更大，会使测试不稳定甚至结果不准，因此完成样品测定之后，必须彻底清洗比色皿，下列清洗流程仅供参考：蒸馏水清洗——乙醇清洗——干燥。

如果比色皿被污染，请按照如下流程清洗：在洗涤剂中浸泡约10min（30-50℃）——蒸馏水清洗——再加有少量双氧水的稀硝酸中浸泡约30min——蒸馏水清洗——干燥。 

 注：如果比色皿被有机物污染，请先用如丙酮等有机溶剂将有机物洗去并用蒸馏水清洗。

值得注意的是：分析实验常用的铬酸洗液不宜用于比色皿洗涤，这是因为带水的比色皿在该洗液中可能会产生热量，致使比色皿胶接面裂开而损坏。同时经洗液洗涤后的比色皿还可能残存微量铬(铬在紫外区有吸收) ，因此会影响实验的测定。